Die Uffizien wurden ursprünglich nicht als Museum, sondern als Büros für die florentinischen Magistrate errichtet - daher ihr Name "Uffizien", was auf Italienisch "Büros" bedeutet. Das Gebäude wurde von Cosimo I. de' Medici, dem ersten Großherzog der Toskana, in Auftrag gegeben und diente in erster Linie dazu, die Verwaltungsbüros des toskanischen Staates unter einem Dach zu vereinen, als Teil von Cosimos Bemühungen, seine neu gegründete großherzogliche Verwaltung zu organisieren und zu stärken.
Darüber hinaus sollten die Uffizien auch die Kunstsammlungen der Familie Medici beherbergen, einer der reichsten und einflussreichsten Familien Europas zu dieser Zeit. Als ihre Sammlung wuchs, wurden nach und nach Teile der Uffizien genutzt, um diese Werke einem ausgewählten Publikum zu zeigen, was den Beginn des Übergangs zu einer Galerie markierte. Nach dem Ende der Medici-Dynastie im 18. Jahrhundert vermachte die letzte Medici-Erbin, Anna Maria Luisa de' Medici, die gesamte Sammlung der Stadt Florenz unter der Bedingung, dass sie die Stadt nie verlassen würde. Diese Sammlung bildete den Kern der Uffizien, wie wir sie heute kennen, und wurde 1765 offiziell als Museum eröffnet.