De Galerie Uffizi werd oorspronkelijk niet gebouwd als museum, maar als kantoren voor de Florentijnse magistraten - vandaar de naam "Uffizi", wat "kantoren" betekent in het Italiaans. In opdracht van Cosimo I de' Medici, de eerste groothertog van Toscane, was het voornaamste doel van het gebouw om de administratieve kantoren van de Toscaanse staat onder één dak te brengen, als onderdeel van Cosimo's inspanningen om zijn pas opgerichte groothertogelijke administratie te organiseren en te versterken.
Daarnaast was het Uffizi ook bedoeld om de kunstcollecties van de Medici-familie in onder te brengen, een van de rijkste en invloedrijkste families in Europa in die tijd. Naarmate hun collectie groeide, werden delen van de Uffizi geleidelijk gebruikt om deze werken te tonen aan een select publiek, wat het begin markeerde van de overgang naar een galerie. Na het einde van de Medici-dynastie in de 18e eeuw liet de laatste Medici erfgename, Anna Maria Luisa de' Medici, de hele collectie na aan de stad Florence onder de voorwaarde dat deze de stad nooit zou verlaten. Deze collectie vormde de kern van de Galerie Uffizi zoals we die vandaag de dag kennen en die in 1765 officieel als museum voor het publiek werd geopend.