Medici Şapeli Rönesans ve Barok tarzlarını harmanlamaktadır. Yeni Ayazma ve Prensler Şapeli olmak üzere iki bölüme ayrılan yapılar, Medici hanedanının mirasını sanat ve mimari aracılığıyla onurlandırmaktadır. Her iki mekân da ailenin zenginliğini ve nüfuzunu yansıtmakta, büyük anıt mezarlar ve sanatsal simge yapılar olarak hizmet vermektedir.

Yeni Ayazma, Klasik ve Rönesans unsurlarını bir araya getirmektedir. Kübik planında bir kubbe, beyaz duvarlar ve gri pietra serena taşı bulunmaktadır. Mezarlarda Michelangelo'nun zamanın geçişini simgeleyen heykeller -Gündüz, Gece, Şafak, Alacakaranlık- sergilenmektedir. Bitmemiş olmasına rağmen, Giorgio Vasari daha sonra eseri dramatik kontrastını ve duygusal derinliğini koruyarak koruma ile tamamladı.

Matteo Nigetti tarafından inşa edilen bu Barok şapel, renkli mermerler ve yarı değerli taşlarla göz kamaştırıyor. Sekizgen tasarımı 59 metrelik bir kubbe ile taçlandırılan yapı, Medici hükümdarları için altı büyük lahit barındırmaktadır. Opificio delle Pietre Dure atölyesi karmaşık kakmalar işleyerek mekânı Medici gücü ve zanaatkârlığının ışıltılı bir övgüsüne dönüştürdü.

Şapeller birlikte Medici ailesinin himayesini ve Floransa'nın sanatsal dehasını kutlamaktadır. Michelangelo'nun yenilikçi tasarımları ve Şapel'in gösterişli malzemeleri Rönesans-Barok geçişlerinin öne çıkan örnekleridir. Bunlar zenginliğin, bağlılığın ve dönemin mimari ve dekoratif sanatlardaki ustalığının kalıcı sembolleri olmaya devam etmektedir.

Michelangelo tarafından tasarlanan Yeni Kutsal Alan, Medici ailesinin üyeleri için son dinlenme yerleri olarak hizmet veren bir anıt mezardır. Giuliano ve Lorenzo de' Medici'nin mezarlarını süsleyen Şafak, Alacakaranlık, Gündüz ve Gece figürleri de dahil olmak üzere Michelangelo'nun heykelleri yer almaktadır. Şapel mimari açıdan Brunelleschi'nin Eski Ayazması ile aynı çizgidedir ancak Michelangelo'nun Floransa'dan kalkış nedeniyle yarım kalmış, Lorenzo ve Giuliano'nun kalıntıları büyük mezarlardan yoksun kalmıştır.

Bu büyük sekizgen türbe, mermer, granit, jasper ve yarı değerli taşlarla süslenmiş gösterişli iç mekanlarıyla ünlüdür. Altı Medici Grandükü ve eşlerinin lahitlerine ev sahipliği yapmaktadır. Buontalenti tarafından tasarlanan kubbe yaklaşık 60 metre yüksekliğindedir ve İncil'den sahnelerin resmedildiği Freskler'e sahiptir. Medici Şapeli, Medici ailesinin zenginliğinin ve nüfuzunun bir kanıtı ve o dönemde Floransa'da daha az yaygın olan bir tarz olan Barok mimarisinin bir örneğidir.

Medici Şapellerinin altında yer alan Medici Kriptası, aralarında Toskana Büyük Dükleri ve eşlerinin de bulunduğu Medici ailesinin çeşitli üyelerinin mezarlara ev sahipliği yapmaktadır. Mahzen, Medici ailesinin daha az bilinen üyeleri için bir mezarlık alanı olarak hizmet veren Yeni Kutsal Alan ve Prensler Şapeli'ni içeren kompleksin bir parçasıdır. Kriptalar, üst şapellerin ihtişamıyla tezat oluşturan ciddi, sade ancak etkili tasarımıyla Not: dikkat çekmektedir.

Lorraine Kriptal, Floransa'daki San Lorenzo Bazilika'nın korosunun altında, mahzen sunağının arkasında yer almaktadır. Medicilerin yerine Toskana'yı yöneten Lorraine ailesinin kalıntılarına ev sahipliği yapmaktadır. Restorasyon çalışmalarının ardından kısa bir süre önce yeniden halka açılan kriptalar, Lorraine hanedanının tarihine ve Medici ailesiyle olan bağlantılarına bir bakış sunuyor.

Reliquary Odası, değerli gümüş ve altından yapılmış kutsal emanetleri içeren kutular da dahil olmak üzere zarif kutsal nesnelere ev sahipliği yapmaktadır. Bu emanetler, Medici ailesinin kiliseye olan bağlılığını yansıtan azizler ve şehitlerle ilişkilendirilmiştir. Vaftizci Aziz John ve Aziz Cosimo'ya adanmış olan ve renkli minelerle süslenmiş olan rölyefler de dikkate değerdir. Odada ayrıca Botticelli ve Ghirlandaio gibi ünlü sanatçıların resimleri de yer almaktadır.