Открыт в 1975 году Паоло Даль Поджетто.
Несколько веков Тайная комната Микеланджело лежала скрытая и забытая, первоначально служа складом для угля до 1955 года. Его повторное обнаружение стало счастливой случайностью во время реновации в Капеллах Медичи в 1975 году.
Паоло Даль Поджетто, историк искусства и режиссёр музея, искал способ создать новый выход, когда наткнулся на рисунки углём под двумя слоями штукатурки. Узнав в них работы Микеланджело, он понял, что эта маленькая камера была не просто хранилищем, а убежищем, где художник делал наброски во время своего укрытия в 1530 году.
Изначально Тайная комната была открыта для изучения учеными, но опасения по поводу сохранности деликатных рисунков привели к ограничению доступа. После четырехмесячного испытательного срока дальнейшие тесты определили, можно ли открыть его на постоянной основе. Наконец, 15 ноября 2023 года зал был открыт для публики, предлагая посетителям интимный взгляд на жизнь и творчество одного из величайших художников мира.